Lai arī mūsdienās arheologi izpētījuši patiešām lielu daudzumu seno pilsētu, tās visas galvenokārt ir uz sauszemes. Taču ne mazums tādu atradumu pētniekus gaida arī zemūdens pasaulē. Turklāt tieši šajā vidē šie veidojumi pietiekami labi saglabājušies arī pēc tur pavadītajiem vairākiem tūkstošiem gadu. Pagaidām lielākajai daļai šo pilsētu piekļūt spēj tikai profesionāli nirēji vai hidroarheologi, taču jau tagad zināms, ka dažas no tām gluži teorētiski ne ar ko neatpaliek no leģendārās Atlantīdas.
Herakliona un Kleopatras pils, Ēģipte
Ja mēģina atrast maksimāli reālu analogu vēstījumam par Atlantīdu, visdrīzāk, tieši stāsts par pilsētu Heraklionu tam varētu izrādīties vispiemērotākais: nozīmīga osta, svarīgs transporta un tirdzniecības centrs – to uzbūvēja aptuveni 8. gadsimtā pirms mūsu ēras jeb tātad tajā laikā, kad Senajā Ēģiptē valdīja Ptolemaju dinastija. Taču, arī neraugoties uz tām antīko vēsturnieku liecībām, kas saglabājušās līdz mūsu dienām, jau faktiski nākamajos laikmetos vairākums pētnieku principiāli nemaz neticēja tam, ka tāda pilsēta vispār jebkad būtu eksistējusi, jo tam nebija absolūti nekādu materiālo apliecinājumu.
Un tikai 2000. gadā gluži nejaušā kārtā izdevās atrast to, kas palicis pāri no savulaik iespaidīgās seno ēģiptiešu pilsētas. Herakliona tagad atrodas vismaz 500 metru dziļumā zem ūdens, 6,5 kilometru attālumā no krasta, un mūsdienu hidroarheologi turpina rūpīgi pētīt lielā mērā nesliktā stāvoklī tur esošās ēkas, skulptūras un citas lietas. Neskatoties uz to, ka par šo zemūdens pilsētu informācijas joprojām ir gaužām maz, tomēr jau esot puslīdz skaidrs iemesls tam, kāpēc šī pilsēta savulaik pazudusi. Pētījumi apliecinājuši, ka Herakliona uzbūvēta teritorijā, kur zeme galvenokārt bijusi mālaina vai smilšaina, un tāpēc regulārās zemestrīces un vispārējā seismiskā nestabilitāte rezultātā tad arī noveda pie tā, ka vienā brīdī pilsēta pakāpeniski sāka grimt un aiziet zem ūdens.