Bioloģiskā akvakultūra ir tautsaimniecības nozare, kas balstās uz ekoloģiskiem procesiem, bioloģisko daudzveidību un dabas cikliem, kas ir atkarīgi no nodrošinātajiem apstākļiem, nevis līdzekļiem ar kaitīgu ietekmi. Vienlaikus tā rada iespējami mazāku kaitējumu videi un piesaista patērētājus, kuri izvēlas bioloģiskus produktus un dabīgas ražošanas prakses. 

Bioloģiskajā akvakultūrā neizmanto sintētiskos pesticīdus un ķīmiskos mēslojumus. Akvakultūras dzīvnieku audzēšanā netiek izmantoti augšanu veicinoši hormoni un ģenētiski modificēti organismi. 

Bioloģiskās akvakultūras rezultāts ir ne tikai veselīga pārtika, bet arī ilgtspējīga dabiska vide, kas nodrošina augstu dzīves kvalitāti ne tikai cilvēkiem, bet arī augiem un dzīvniekiem. Atšķirībā no konvencionālās bioloģiskajai akvakultūrai ir zemāka ražība un dārgāka produkcija, kas skaidrojams ar bioloģisku materiālu izmantošanu un videi saudzējošāku prasību ievērošanu.