Gan integrētajiem, gan bioloģiskajiem audzētājiem lielas problēmas sagādā augsnē mītošie patogēni. To ierobežošanai nav pieejami ķīmiskie līdzekļi. Visvairāk šis fakts ietekmē burkānu un citu sakņaugu audzētājus, kā arī puķkopjus. Augsnē mītošie patogēni būtiski traucē arī visu augu dēstu audzēšanu, it sevišķi bioloģiskajās saimniecībās, kur lieto nekodinātas sēklas.
Daļēji augsni atveseļo mēslojums Perlka, bet to nedrīkst lietot bioloģiskajā lauksaimniecībā. Augu seka un zaļmēslojuma augi nespēj atrisināt šo problēmu, jo lielākā daļa augsnē mītošo patogēnu ir polifāgi un attīstās faktiski uz visiem augiem. Tieši tāpēc efektīvo mikrobioloģisko līdzekļu izmantošana augsnes atveseļošanai ir sevišķi daudzsološa.
Latvijā ir reģistrēti tikai daži mikrobioloģiskie līdzekļi, diemžēl daļa no tiem nav piemērota izmantošanai lielražošanā. To preparatīvā forma neļauj efektīvi iestrādāt līdzekļus lielā platībā. Ir svarīgi, ka mikrobioloģisko augu aizsardzības līdzekļu efektivitāte tiek pārbaudīta uz mākslīgi inficētiem (inokulētiem) augiem, kā arī uz dabiski augsta infekciju fona.
Mikrobioloģiskie līdzekļi ir lietojami arī bioloģiskajā lauksaimniecībā. To nosaka EK regula nr. 889/2008 par sīki izstrādātiem bioloģiskās ražošanas, marķēšanas un kontroles noteikumiem (II pielikuma 2. sadaļa).
Svarīgi nosacījumi mikrobioloģisko līdzekļu lietošanā
Sēnes un baktērijas ir dzīvi organismi, un to dzīvotspēja ir atkarīga no apkārtējās vides apstākļiem. Vispirms tiem ir nepieciešama barība – organiskās vielas –, kā arī mitrums un optimāla temperatūra.
- Ūdens ir nepieciešams sporu izplatīšanai un dīgšanai, bet augsnes mikroorganismi ūdenī nedzīvo. Tiem ir nepieciešams substrāts – augu saknes vai organiskā viela.
- Tie darbojas samērā plašā temperatūras diapazonā, tomēr maksimāli pieļaujamā temperatūra ir 40 oC. Ja tā ir augstāka, derīgie mikroorganismi var iet bojā.